India memiliki 7.684 mutasi virus korona, temuan penelitian: Inilah yang perlu Anda ketahui

Di saat para ahli kesehatan sibuk menangkap penyebaran strain asing dari novel virus corona , sebuah studi ilmiah telah mengungkapkan bahwa ada lebih dari 7.000 mutasi virus di India, yang beberapa di antaranya dapat menimbulkan risiko yang serius.

Sebuah studi yang diterbitkan oleh para ilmuwan dari Council for Scientific and Industrial Research Center for Cellular and Molecular Biology menyatakan bahwa beberapa dari 7.684 mutasi yang terdeteksi sejauh ini dapat membuat virus lebih menular.

Dr Rakesh Mishra, Direktur CCMB, mengatakan di antara variannya, N440K menyebar lebih banyak di negara bagian selatan, termasuk Andhra Pradesh.

Dia menekankan bahwa perlu untuk meningkatkan pengurutan genom di India untuk tetap berada di atas perubahan progresif dalam struktur virus dan untuk mengembangkan strategi pengobatan dan pencegahan sesuai dengan perubahan ini.

India sejauh ini belum mengurutkan isolat SARSCoV-2 hingga kapasitas penuh, karena hanya menyimpan sekitar 6.400 genom dari lebih dari 10,4 juta kasus yang tercatat (0,06 persen).

Setelah evolusi Inggris dan strain Brasil virus corona yang ternyata lebih dapat ditularkan, pemerintah India telah mencoba untuk meningkatkan urutan genom.

SARS-CoV-2GenomicConsortia India (INSACOG) yang terdiri dari 10 institut juga dibentuk untuk tujuan ini. CCMB adalah bagian dari konsorsium.

Apa temuan utama dari studi ini?

Ilmuwan CCMB mempublikasikan temuan mereka dalam makalah penelitian berjudul Genomik SARS-CoV-2: Perspektif India tentang pengurutan varian virus.

Studi tersebut menemukan bahwa varian yang membawa mutasi N440K – menyebar lebih banyak di negara bagian selatan India, dan pengawasan lebih dalam diperlukan untuk memahami apakah ia memiliki gejala yang lebih buruk atau kemampuan untuk melepaskan kekebalan.

“Kami sekarang memiliki bukti yang muncul bahwa varian N440K menyebar lebih banyak di negara bagian selatan. Pengawasan lebih dekat diperlukan untuk memahami penyebarannya dengan benar,” kata Mishra dalam sebuah pernyataan.

Deteksi yang akurat dan tepat waktu dari varian baru yang mungkin menunjukkan infektivitas yang lebih besar atau gejala klinis yang lebih buruk, termasuk “pelarian kekebalan”, akan sangat penting untuk mencegah konsekuensi bencana, katanya.

Makalah ini juga telah mencantumkan 61 varian teratas India yang tidak identik dengan rincian mutasi genom dan perubahan asam amino yang sesuai pada protein virus terkait.

Studi tersebut menunjukkan bahwa virus telah berubah sedemikian rupa sehingga sekarang berbeda sekitar 20 poin dalam genom mereka dari varian yang pertama kali dilaporkan di Wuhan, Cina.

“Seiring waktu, virus mengakumulasi mutasi yang mengubah urutan genom, baik karena kesalahan replikasi acak atau melalui mekanisme pertahanan inang yang disebut pengeditan RNA (Van Dorp et al. 2020a, b). Mutasi disebut sinonim jika tidak ada perubahan ke asam amino yang dikodekan dan tidak sama ketika protein memperoleh perubahan karena mutasi. SARS-CoV-2 telah memperoleh mutasi baru dengan kecepatan ~ 2 perubahan per bulan sejauh ini. Dengan demikian, urutan virus yang terlihat saat ini berbeda dari varian Wuhan di sekitar 20 titik dalam genom mereka, “studi tersebut menjelaskan.

Transformasi ini, tambah studi tersebut, dapat membuat virus lebih menular atau cenderung menghindari kekebalan.

“Evolusi SARS-CoV-2 dapat membuatnya lebih menular melalui mutasi adaptif yang meningkatkan afinitas atau meningkatkan pengikatan pada sel inang, sementara lolos dari mutasi yang dapat membantunya menghindari respons imun memiliki implikasi serius untuk vaksin dan terapi dan dapat berdampak buruk pada keparahan dan kematian penyakit, “kata penelitian itu.

“Sistem kekebalan kami tidak dapat mengidentifikasi mereka dari infeksi sebelumnya karena perubahan dalam struktur protein mereka,” tambah makalah itu.

Mishra, yang juga salah satu rekan penulis makalah ini, menambahkan bahwa tidak setiap mutasi menjadi varian.

Hasil penelitian komprehensif ini adalah bahwa karena proses alami mutasi, varian akan terus bermunculan. Cara terbaik untuk mengontrol potensi kerusakan adalah dengan melakukan pengawasan genom yang ekstensif dan mengambil tindakan untuk mencegah penyebaran varian baru sebagai dan saat terdeteksi, “kata surat kabar itu.

Apa perbedaan antara Mutasi dan Varian?

Ketika virus menggandakan dirinya sendiri, kesalahan sering terjadi selama proses replikasi. Ini berarti bahwa sel yang dihasilkan dari virus serupa tetapi bukan salinan persis dari galur asli yang pertama kali terdeteksi di wilayah geografis mana pun.

Namun, ketika mutasi terjadi pada satu titik, itu tidak akan selalu mengubah salah satu blok bangunan (disebut asam amino) atau bagaimana virus dibuat.

Jika dan ketika mutasi (atau kumpulan mutasi) mengubah blok bangunan virus sehingga mengubah cara berperilaku atau bereplikasi, itu disebut strain baru.

Bagaimana mutasi dapat mempengaruhi COVID-19 pertarungan?

Mutasi yang meningkat di virus corona dapat berarti bahwa kekebalan kawanan akan sulit bagi orang India. Direktur AIIMS Randeep Guleria, Minggu mengatakan bahwa orang tidak boleh memikirkannya dalam “istilah praktis” di India, terutama pada saat “strain varian” dari COVID-19 dan “kekebalan memudarnya”.

“Kekebalan kawanan adalah sesuatu yang akan sangat, sangat sulit untuk dicapai dan itu adalah sesuatu yang seharusnya tidak benar-benar dipikirkan dalam istilah praktis … karena jenis varian dan kekebalan yang bervariasi dengan waktu dapat mengarah pada kesempatan di mana orang mungkin memiliki infeksi ulang atau terkena infeksi lagi, “kata direktur All India Institute of Medical Sciences (AIIMS) itu.

“Dan orang juga harus ingat bahwa sejumlah besar orang telah mengalami infeksi ringan dan kami tahu bahwa mereka yang mengalami infeksi ringan cenderung memiliki produksi antibodi yang lebih sedikit, antibodi mereka cenderung berkurang dalam jangka waktu tertentu,” tambahnya.

Para ahli mengatakan kekebalan kawanan dikatakan telah berkembang dalam segmen populasi jika setidaknya 50-60 persen dari mereka ditemukan memiliki antibodi dalam survei seroprevalensi.

Kekebalan kelompok menyiratkan bahwa dalam kumpulan orang mana pun dalam komunitas, setelah terkena virus, banyak dari mereka menjadi kebal terhadapnya, karena antibodi yang dikembangkan sebagai tanggapan terhadapnya. Dan, karenanya, orang tersebut menjadi lapisan pelindung antara orang yang terinfeksi dan orang yang tidak terpengaruh, sehingga memutus rantai penularan virus.

India telah merilis tiga survei serologis nasional, yang terbaru menunjukkan bahwa satu dari setiap lima orang India (20 persen) mungkin telah terpapar novel tersebut. virus corona dan masih banyak orang yang rentan tertular.

Dampak varian COVID pada pembuatan vaksin

Pembuat vaksin di India telah menegaskan bahwa mereka dapat dengan cepat menyesuaikan bidikan mereka sesuai dengan varian baru yang muncul di negara tersebut.

Bharat Biotech and Biological E Ltd mengatakan pada hari Senin bahwa mereka dapat segera mengerjakan ulang COVID-19 produk vaksin untuk melawan varian baru setelah urutan genetiknya diketahui, Reuters dilaporkan.

“Karena kami melihat banyak kasus yang muncul kembali, kami mengambil sampel dari hotspot dan cluster dan kami mencoba mengurutkannya,” Nivedita Gupta, wakil direktur jenderal Dewan Riset Medis India (ICMR), mengatakan kepada Konferensi BioAsia.

Apa itu sekuensing genom?

Berdasarkan Genome News Network, sekuensing genom adalah proses mencari tahu urutan nukleotida DNA, atau basa, dalam genom – urutan As (adenin), Cs (sitosin), Gs (guanin), dan Ts (timin) yang menyusun DNA organisme . Genom manusia terdiri dari lebih dari 3 miliar huruf genetik ini.

Dalam kasus novel virus corona , urutan genom pertama tersedia di gudang publik global, Inisiatif Global untuk Berbagi Semua Data Influenza (GISAID) sekitar 10 Januari 2020, dinamai sebagai virus asli dari Wuhan.

Menurut koran tersebut, sejak saat itu repositori telah mengumpulkan lebih dari 3.20.000 urutan dari seluruh dunia. India adalah negara ke-5 di dunia yang mengurutkan genom virus (diisolasi dari pasien pertama di Kerala) untuk dimasukkan dalam GISAID.

Delhi, Maharashtra dan Kerala meningkatkan upaya pengurutan

Letnan Gubernur Delhi Anil Baijal Senin mengarahkan para pejabat untuk meluncurkan pengujian sekuensing genom berbasis cluster di Ibu Kota Nasional ketika kasus-kasus meningkat. Namun, belum ada konfirmasi resmi apakah varian mutan tersebut telah muncul di Ibu Kota Nasional sejauh ini.

Demikian juga, laporan berita mengatakan bahwa sampel dari Kerala, Maharashtra, Punjab dan Bengaluru juga dapat dikirim untuk pengurutan genom.

Sebuah Indian Express Laporan yang diterbitkan Sabtu menyatakan bahwa tiga distrik Maharashtra, Yavatmal, Amravati dan Akola, telah mengirimkan sampel untuk sekuensing genom guna memeriksa apakah mutasi bertanggung jawab atas peningkatan pesat kasus di distrik ini.

Laporan tersebut mengklaim bahwa keputusan tersebut diambil setelah empat dari 12 sampel dari Amravati menunjukkan mutasi titik (E484Q) yang serupa dengan yang ditemukan di Afrika Selatan, Brasil, dan Inggris. Satu dari empat sampel dari Yavatmal menunjukkan mutasi lokal (N440K) yang juga ditemukan di beberapa bagian India utara dan Andhra Pradesh.

NDTV melaporkan bahwa 800 hingga 900 sampel dari Maharashtra dan Kerala telah dikirim untuk pengurutan genom dalam satu bulan terakhir, sementara lebih banyak sampel sedang dicari dari Punjab dan Bengaluru.

Varian mutan yang terkait dengan Inggris, Afrika Selatan, dan Brasil telah terdeteksi di India sejauh ini.

Memanfaatkan kemajuan dalam epidemiologi genom dengan memantau dan meningkatkan upaya pengurutan setelah lonjakan lokal akan sangat membantu dalam tetap berada di atas mutasi yang menjadi perhatian sementara biologi dan efeknya dipelajari secara lebih rinci, kata makalah itu.

Dengan masukan dari PTI